水利署及所屬機關經管之公共用土地多達8萬6千餘筆，面積共計1萬1千餘公頃，雖轄區廣闊且多位處偏遠，仍需確實掌握
土地使用現況、落實公地公用，防止遭占用或有不當得利情形，並應確保徵收價購土地完成產權移轉登記並開帳納管，故土地管理業務可謂繁雜卻也至為重要。
就國有公用土地之開帳及管理，
水利署及所屬機關經管之國有公用不動產，均應依「國有財產產籍管理作業要點」，設國有財產資料卡及明細
分類帳，辦理
分類、編號、製卡、登帳，並列冊層報主管機關等事項，前開事項目前係由各所屬機關執行財產資訊系統建檔，並每月提送產籍異動資料報署彙整後層報主管機關；另
水利署及所屬機關經管之國有公用不動產，均由各所屬機關按預定計畫及規定用途或事業目的管理使用，如有占用情事者，應依規定排除占用，對已無保留公用必要者，則應依國有財產法相關規定，陳報
水利署核轉財政部同意變更為非公用財產移交該部國有財產署接管依法處理。
水利署為查核所屬機關執行國有公共用財產開帳及管理業務辦理情形，每年均依據財政部「年度國有公用財產管理情形檢核計畫」規定辦理檢核訪查，落實稽核管理。今年度財產檢核工作已自6月24日展開，分轄區進行，預計至8月11日結束。