工程會於110年10月6日修正「生態檢核注意事項」，辦理工程須於設計階段研擬必要之生態保育措施及監測項目等費用，並於施工階段落實規劃設計階段所定之生態保育對策、措施，確保生態保全對象、生態關注區域完好。為確實將生態檢核設計成果納入施工圖說及預算，水利署各所屬機關編製施工預算時，依據「經濟部水利署所屬機關興辦水利工程執行職業安全衛生及環境保護措施管理作業要點」規定，參照設計階段生態保育措施成果，編列「生態保育措施費」納入預算。
為落實施工階段生態保育措施三級品管，具體作法包括：(1)水利署契約施工補充說明書納入「廠商施工階段生態檢核作業補充說明」，規範施工廠商將「生態保育措施」及「生態環境異常狀況處理原則」納入施工計畫，並規範廠商於施工期間填寫「生態保育措施自主檢查表」，及落實執行迴避、縮小、減輕、補償等生態保育措施。(2)工程監造計畫納入「生態保育措施抽查紀錄表」，施工期間由監造單位抽查施工廠商執行生態保育措施情況，提供缺失改善意見。(3)水利署工程督導納入施工廠商執行生態檢核執行情形，並依工程會「工程施工查核品質缺失扣點表」對於廠商生態檢核執行缺失納入評分及扣點；生態檢核作業有瑕疵或發現影響生態環境引發爭議時，要求廠商暫緩相關作業，並督請廠商依施工計畫所訂「生態環境異常狀況處理原則」與在地民眾及關心生態議題之民間團體進行溝通、討論及研提改善方法。
生態檢核已列為參加公共工程品質優良獎(金質獎)之推薦基準，水利署持續依工程會「公共工程生態檢核注意事項」督請所屬機關將生態檢核設計成果傳遞至施工階段，並透過施工階段生態保育措施三級品管，維護工程棲地環境品質，提升工程人員對於生態保育及棲地復育之重視，創造優質之生態環境。