110年8月2日凌晨嘉義縣發生廣域短延時強降雨，造成嘉義縣六腳鄉及新港鄉地勢低窪地區積淹水，嘉義農業生產專區農損嚴重，蔡總統亦至現場勘災。經調查該次豪雨主要受災地區屬嘉義縣管六腳排水系統集水區範圍，水利署分別於8 月19 日、8月30日、9月23日邀集嘉義縣政府、行政院農業委員會農田水利署、內政部營建署、水利規劃試驗所及第五河川局等單位召開多次會議研商治理措施。
由於六腳排水系統屬嘉義縣管區域排水，爰水利署於會中請嘉義縣政府針對該排水短、中、長期擬定治理措施；其中短期措施為應急措施(包含辦理清淤疏濬、防汛擋板採購、瓶頸段拓寬等)，中長期則擬定排水路整體規劃治理方向及排水治理計畫，迄今短期工作已大致完成。
六腳排水系統全長28.34公里，前期已投入約14.09億元，完成整治約10.1公里，後續尚待整治長度約18.24公里(含滯洪池)，估計尚需投入約51億元。宥於整治經費龐大且嘉義縣政府財政困難，故水利署已於111年提出「縣市管河川及區域排水整體改善計畫」修正計畫，向行政院爭取經費，以協助嘉義縣政府辦理該排水改善工作。
因後續排水路整治需辦理河道拓寬，且部分地區涉及都市計畫(區域計畫)變更及用地取得等事宜，相關作業時程及整治優先順序皆須整體評估考量；水利署將俟上述修正計畫預算通過後，即啟動中期整治工作，以期降低淹水風險，保障當地居民生命財產安全。