水資源科技發展計畫目的，是藉由相關學術機構及專家學者共同参與，就未來可能產生之議題投入研究、提出可行方案，再偕同傳統水利工程措施，解決氣候變遷對我國水資源環境所造成之衝擊。
水利署於111年度水資源科技發展計畫規劃方向，將辦理「尖端地層下陷防治技術之研發」、「公共用水效率提升計畫」、「智慧水管理技術研發」、「韌性防災調適與評估研究」等4項綱要計畫，主要應用研究內容如下：
彰化、雲林、嘉義及屏東等4縣市為地層下陷較為顯著地區，近年雖有趨緩現象，惟雲林地區仍顯著，為探討雲林內陸地區地層下陷未獲控制原因、高鐵通過引發安全疑慮、沿海海水入侵或土壤地下水鹽化等課題，水利署與科技部建立合作平台進行跨領域研究，透過地下水環境補充調查及資料分析與應用、地層下陷檢監測技術提升、地層下陷機制分析及預警管理、海水入侵定義及範圍界定調查分析與管理技術等議題，深入探索研究區域內地層下陷的機制，進而提出地層下陷減緩的技術方案。
109年度彰雲顯著下陷範圍圖
分工架構
<優化水庫有害藻類監測技術>
水庫水質優養化現象所衍生之藍綠藻及其代謝物的問題將影響公共給水安全，故需持續優化水庫有害藻類監測技術，辦理水庫有毒藻類監控應變及產毒因子風險分析研究，應用新型分子生物技術，精準快速判斷水體中主要生成藻毒的藻類。
<多元遙測與空間資訊整合應用研究>
衛星遙測技術可作為乾旱預警、揚塵預警、智慧灌溉、河防安全、河川治理規劃、河川環境管理、地層下陷防治、多元水資源開發規劃等多項應用。
衛星遙測技術應用示意
為協助改善揚塵好發地區之揚塵預警機制，水利署利用衛星遙測技術，規劃建立相關預警機制，透過多元遙測與空間資訊應用平台建構，以測試場域的案例實證為基礎，完成揚塵預警應用。
<災害預警整合>
現行科技進步，相關觀測技術眾多，透過災害預警整合平台，整合防災降雨雷達觀測、即時預報、氣候展望、數值氣象預報等新興氣象觀測、預警/預報技術，結合歷年水旱災科技研發成果，朝向水旱災預警決策應變整合平台發展，冀以藉災害預警、優化管理、資訊公開等作為來降低災害衝擊。
(資料來源-氣象局、公路總局、縣市政府、衛福部、內政部).jpg)
防汛決策輔助展示平台整合各項情資(歷線、雨量、範圍、影像)(資料來源-氣象局、公路總局、縣市政府、衛福部、內政部)
廣布淹水感測器，即時精準掌握積淹水
水資源科技發展計畫不同於運用既有成熟技術去推廣執行之公共建設計畫，其著重於運用新興科技，嘗試研發新技術，試圖解決各式挑戰性議題，尤其現在面對氣候變遷之挑戰，更需朝跨域整合方向發展，逐步累積成果直至技術成熟，進而推廣執行，創造讓人民安居樂業之環境。