臺灣地區的地層下陷問題，除了影響土地資源的可利用性，也使民眾蒙受經濟損失，經農委會、經濟部、內政部等部會及縣市政府長期共同努力，透過減抽地下水增供地面水、地下水補助、加強監測及管理等等作為，目前地層下陷已有明顯減緩改善。
水井管理為地方政府權責，為協助地方政府加強水井管理工作，水利署(以下簡稱本署)持續補助地方政府辦理各項違法水井查察工作，目前各地方政府除平時加強巡查及提供民眾檢舉地下水管制區新增違法水井獎勵外，並以多元管道方式查處違法水井，措施包括：加強工廠水井查察、漁塭竊電通報、遙測衛星偵測變異點查核聯合稽查等。
針對違法水井處置部分，當縣市政府接獲通報或查獲有疑似違法水井時，可依水利法第93之6條規定，派員進入通報地點檢查，並得商請轄區內警察機關協助之，如現場為施工之違法水井，可依水利法第93之4條主管機關得令行為人立即停工並封填，如不遵行者，得按次處新臺幣1萬元以上20萬元以下罰鍰；倘現場為既存之水井，則視水井的存在情況辦理水井納管或封填(填塞情形如附)。
本署自99年起補助14個地下水管制區之縣市政府辦理「違法水井處置執行計畫」，除了提供縣市政府必要之協助外，並定期召開工作會議追蹤列管計畫進度，在本署及地方縣市政府共同努力下，經統計，自民國99年至110年止已完成水井填塞計約1萬口，已有效減少違法抽用地下水之情形。