三爺溪排水位於台南市西南側，發源自台南市永康區之大灣，為二仁溪的主要支流。集水區包括台南市仁德區、歸仁區、永康區、東區及南區。三爺溪排水主流長13,130公尺，集水面積約62.6平方公里，直接匯入的大小排水路將近二十條，屬於坡降平緩的區域排水。
三爺溪淹水主要原因為通水斷面及堤岸高度不足致使洪水漫溢，由三爺溪上游大灣排水附近的崑山科技大學、仁德交流道附近的太乙工業區、中華醫事大學、仁德後壁厝地區長久以來都是台南著名的淹水警戒區，故本段整治重點以改建護岸及河道清疏來達到整治效果，配合仁德滯洪池及市政府低窪地區的內水抽排，以達區域排水之設計保護標準。
三爺溪排水系統自108年起由人口稠密的萬代橋下游段開始動工，逐步往下游推動整治，整治總長度約11公里共分為19標案，原訂在114年才能完成全線整治，為了加速辦理減輕地方淹水之苦，由水利署和台南市政府合作，共計19標工程在第四河川局、第六河川局、第七河川局及台南市政府水利局的努力下，將整治期程提早至111年底完成。
「三爺溪中下游治理工程(萬代橋至文賢排水段)」改善長度合計約7公里，共分為12個標案，採用原地改建的方式新建護岸，新護岸較舊護岸抬升約1.2m以上，配合河道清疏的方式來辦理改善。文賢排水至二仁溪匯流口段，改善長度合計約4公里，共分為7個標案，本段因易受感潮的影響，採用拓寬河道的方式改建護岸，新護岸完成高度較舊護岸抬升約2.3m以上，並將原40m的河寬拓寬為60m讓整體排洪更加順暢。另沿線8座橋梁亦配合本次的計畫由台南市政府及鐵路局一併配合改建，達到整體防洪效果。
本區段整治過程中經過110年0731豪雨最大時雨量89.5毫米的考驗對比106年海棠颱風最大時雨量86毫米，護岸整治在該次降雨已顯現初步成效，111年亦未有淹水情況發生，全線完工後在未來的豪雨事件應該可以減緩三爺溪流域長久以來的淹水情況。