為河川治理工程或水資源開發等水利事業需要，基於公益性、必要性需取得用地，在徵收土地前水利署(以下簡稱本署)皆竭誠與所有權人協議先以價購方式取得土地及土地改良物，惟仍有所有權人因繼承、他項權利未塗銷等因素而未能達成協議，為使水利事業順利推動，最後仍需依土地徵收條例程序辦理徵收。
辦理用地徵收涉及主要補償項目為地價補償費及土地改良物補償費。地價補償標準依土地徵收條例第30條規定：「被徵收之土地，按照徵收當期之市價補償其地價。」
有關土地改良物補償費，依土地徵收條例第31條規定：「建築改良物之補償，按徵收當時該建築改良物之重建價格估定之。農作改良物之補償，於農作改良物被徵收時與其孳息成熟時期相距在一年以內者，按成熟時之孳息估定之；其逾一年者，按其種植及培育費用，並參酌現值估定之。建築改良物及農作改良物之補償費，由直轄市或縣（市）主管機關會同有關機關估定之。」。
因用地取得作業涉及人民權益，本署係以嚴謹程序辦理，並於公聽會及協議價購會議時，以公平、公開方式宣導相關補償標準及作業，以保障土地所有權人及利害關係人權益。