臺北水源特定區內建置有兩大污水下水道系統，分別為新「新烏地區污水下水道系統」及「翡翠水庫上游污水下水道系統」。主要將家庭生活污水收集處理並符合放流水標準後排放，除有效維護水源水質潔淨外，並提供下游潔淨自來水取水品質，及有效減輕翡翠水庫上游集水區水體污染負荷。
臺北水源特定區管理局兩污水下水道系統除藉由評鑑制度建立定期追蹤考核制度外，所轄坪林、烏來及直潭污水處理廠，皆於今年取得ISO 14001:2015證書。藉由ISO的流程建立及文件管理方式，以期提昇管理操作維護資料之完整及可靠程度、報告資料之彙整分析原則與方法是否正確、下水道及污水處理廠全部有關設施及管理、操作、維護及水質管理之品質提升。