為優化石門水庫的入庫水質，北區水資源局(以下簡稱北水局)透過完整的資料彙整與評析，確實掌握水庫水質污染的來源與成份，並在綜合考量經濟性、有效性及可行性的情況下，提出控制或改善非點源污染的相關措施。整體而言，以總磷的控制與削減為主軸，擬定非結構性管理作為的合理化施肥，減少農民既有施肥量，由源頭直接減少可能的污染產出，為最有效益的總磷削減手段。期能持續推廣試驗成效，達成水質改善與環境友善的多功能目標。
為評估合理化施肥推動效益，北水局已於民國110年至111年間在石門水庫集水區的大溪區綠竹筍園、復興區水蜜桃園實地執行合理化施肥，藉由兩示範區的試驗結果顯示，透過合理化施肥減量20~25%，經水質採樣觀測成果，水體總磷濃度削減率平均達23%以上；同時，針對作物的收成進行調查與比較，其結果顯示，合理化施肥不僅不影響試驗區作物生長，亦大幅降低肥料與人力成本，作物收益更增加了5%以上。
此外，透過各類型推廣宣導活動的舉辦，邀請企業、農民、學生與居民一同參與，使民眾了解非點源污染控制與削減之重要性，加深在地居民對於環境保護之意識，並經由科學化之數據佐證，與重視生態水源保育及致力於社會責任實踐之企業分享，期待未來朝向企業認養之農民合作方式，減低農民執行合理化施肥時之收成壓力，提升企業與農民參與水源保育之環境保護行動，在友善環境的種植模式下，帶動水源保育，達到維護水質的最終目標。