水體中有害藻類，爆發藻華的因素多重且複雜，所謂藻華為學術所稱「水體優養化」造成，因藻類、細菌或浮游生物突然性過度增殖的一種自然現象，通常水體會呈現出綠色或藍色。前述所稱藻華產生因素包括溫度、光照、營養鹽濃度、氣候條件、水文狀態、以及水質變化等，因此在風險管理上有其困難，若不在藻華發生前提早預防及處理，水質狀況將受到威脅，甚至危害用水民眾的安全。
目前國內外學者透過長期水庫藻類及營養鹽的監測趨勢，搭配多種統計方法，提出長期控制氮與磷營養鹽是控制藻華的最有效方法，其中磷為最主要之因子；澳洲水質研究中心(WQRA)提出「水源藍綠菌管理指引」，也以總磷濃度來預測有害藍綠菌的生長。水利署(以下簡稱本署)長期透過分子生物技術(即時定量聚合酶鏈鎖反應，qPCR)對台灣水庫的有害藍綠菌進行監測，其數據與化學分析(如氣相層析質譜儀、酵素連結免疫吸附分析方法)、顯微鏡計數相比較，具有良好之關聯性。除了可做為推估藍綠菌的數量外，亦可進一步透過產毒及產臭基因推估，即時判斷水體中代謝物濃度之範圍，作為相關代謝物濃度的參考，以提供水庫管理單位作為水源管理之重要依據。
本署在110年度的「水庫有害藻類監測技術創新與提升及新型藻毒素處理評析研究」及111年度的「水庫有害藻類及其代謝物監測、處理與風險評析之研究」的計畫中委託國立成功大學將101年至110年間的有害藻類監測數據進行分析，建立本土水庫營養鹽、產毒基因及藻類毒素關聯性與風險分析模式，針對綜合(29座水庫)或單一水庫(金門受水池)提供預警資訊。其中以單一水庫(金門受水池)為例，該模式以保守模型(10%發生機率)推算出，當水體中總磷濃度超過0.13 mg/L時，水體中的微囊藻細胞數將有10%的機率會超過世界衛生組織所設定的規範值(5,000 cells/mL)，即微囊藻毒素危害風險大增。
本推估模式方法，雖有初步成果，但仍需以長期之監測，並整合統計及大數據分析，進一步優化營養鹽與藍綠菌關係模式，更準確啟動預警機制提供藻華、藻毒、藻臭事件的風險評估依據，藉以提升水源與淨水場單位科學化管理藻類及毒素與臭味技術，保障民眾用水安全。