為減輕工程對生態環境造成的影響，維護生物多樣性資源與棲地環境品質，第七河川局針對轄區內工程，辦理環境友善及生態檢核，使工程能夠從工程安全面兼顧生態環境。
以「澎湖縣港子、鎖港及風櫃等3處海堤環境改善工程」(以下簡稱本案)為例，工程分別為港子海堤、風櫃海堤及鎖港海堤，皆屬澎湖國家風景區之範圍，由生態專業團隊提出生態保育對策（迴避、縮小、減輕及補償）與工法、確認生態保全對象及生態關注區域等保育措施。期能建構多樣化生態廊道，以營造自然生態水岸環境促進觀光效益。
港子海堤工程範圍內有諸多海草具有研究價值，另工區外海有保育類海豚蹤跡；風櫃海堤工程周遭有礁岩及漁舟蟹螺等生物；鎖港海堤外海有發現保育類海豚。為降低工程對生態環境的影響，生態團隊提出：應加強管制施工過程產生之廢污水，避免污染水域造成海草及海洋生物死亡；由於海豚對於聲音敏感度較高，故建議施工過程中應降低噪音產生及施工震動頻率；本案皆為海堤工程，應明確標示施工範圍及動線，避免工作人員及機具於礁岩上行走，導致生物死亡...等各項措施。
工程完工後港子、風櫃、鎖港海堤周圍之海域無汙染之情形，堤後植被生長良好，無破壞之痕跡，沙灘維持原狀，海域及周邊環境在施工後並無太大改變及破壞。藉由生態專業團隊執行工程生態檢核作業，釐清工程可能產生之生態議題，提出對生態環境衝擊較小之可行工程方案，以減輕對環境及生態之衝擊，盡量在工程與生態之間達到平衡。