為利維護河防安全及環境品質，水利署(以下簡稱本署)在推動河川、區域排水及海岸工程計畫中，依循公共工程委員會函頒之「公共工程生態檢核注意事項」規定，透過生態專業、民眾參與及資訊公開，辦理工程各階段生態檢核作業；就各流域防洪設施新建工程及當地環境狀況研擬合宜生態保育對策，納入工程設計參採，並於施工過程中落實生態保育措施，以減少在推動水利相關工作過程中對生態環境可能產生的負面影響。
為進一步讓各河川局在執行生態檢核時能有一致性的作業方式，本署責由水利規劃試驗所(以下簡稱水規所)於110-111年辦理「流域生態檢核參考手冊」兩年度計畫委外編撰參考手冊；針對中央管河川、區域排水及一般性海堤工程及其周邊生態環境特性，研擬具體化機制並納入生態檢核參考手冊編製。手冊章節架構以工程生命週期(工程計畫核定、規劃設計、施工及維護管理階段)為主軸，研擬各階段細部作業工作流程及相關附件表單格式；並將生態檢核作業辦理情形納入表單填製，避免流於表單勾稽而無實際辦理內容，俾供本署及各河川局辦理生態檢核作業時依循。
計畫執行期間，水規所舉辦一系列活動，包括生態檢核機制架構座談會、觀摩分享會、試操作工作坊及教育訓練等，藉由辦理活動進行交流，討論參考手冊架構內容及執行方式，並蒐集整合各方意見，滾動檢討調整手冊內容。
生態檢核辦理過程，須透過工程人員與生態背景人員相互合作，這種作業模式有別於以往工程辦理方式，因此在實際操作面上仍有待磨合。本署於112年4月開始請各河川局依參考手冊試辦操作，試辦至113年底，屆時請各河川局提供執行意見回饋滾動檢討，俾利生態檢核作業更臻完善、更符合實際需要。