依95年5月完成之「台南地區曾文溪排水系統整治及環境營造規劃」，於曾文溪排水6K+631～7K+668(十二佃地區)係採箱涵方案(原3孔改成4孔)。惟該區道路寬度為20公尺，考量維生管線配置及側溝，需求寬度至少25公尺以上，若依原規劃報告則必需遷移管線及提高道路高程(提高1公尺)，對道路住宅原有出入影響甚鉅，因該方案執行困難，爰於106年7月7日水利署召開「曾文溪排水位於公學路四段與十二佃路附近渠段箱涵改善規劃檢討方案研商會議」，並進行規劃檢討，並於民國107年10月31日經水河字第10751137431號函備查「曾文溪排水系統規劃檢討(十二佃箱涵段局部檢討)」，本治理計畫依此配合修訂96年原公告之用地範圍線。
第六河川局於108年度期中提報增辦區域排水整治及環境營造計畫，納入曾文溪排水十二佃疏洪箱涵(樁號0K+000-0K+650)新建工程、曾文溪排水十二佃疏洪箱涵(樁號0K+650-1K+300)新建工程、曾文溪排水十二佃疏洪箱涵(樁號1K+300-1K+600)新建工程及曾文溪排水十二佃疏洪箱涵(樁號1K+600-1K+900)新建工程等四個工區，總長度計約1.9公里。目前樁號0K+000~1K+300等兩個工區長約1.3公里，已於今(112)年3月完工通水，預計可提供10萬3千多噸的滯洪空間，可大幅減輕沿岸居民免受淹水之苦。另外1K+300~1K+900等兩個工區總長約0.6公里，目前亦加緊趲趕預計112年10月底前可完工疏洪。屆時全線1.9公里疏洪箱涵完工後，即能發揮疏洪功能，讓長久困擾地方的淹水問題得到有效紓解。
全線疏洪工程完成後，預計能改善台南市安南區12佃地區淹水面積約50公頃，受保護人口約6,000人，除可提昇沿海岸民眾的生活品質，並可帶動週邊地區的經濟發展。