曾文水庫是全台灣最大的水庫，也是嘉南地區最重要的水庫，自建庫以來養育及守護著嘉南地區的居民，並帶動農工商業的發展。然而，因全球氣候變遷，極端氣候造成的洪水事件頻頻發生，這些洪水往往挾帶著集水區山坡地泥砂入庫，造成水庫庫容逐漸地減少。
南區水資源局(以下簡稱南水局)為維持庫容，逐漸回復水庫蓄水容量，持續進行減淤工作。藉由多元的水庫清淤方式，像是於上游河道辦理陸挖及疏浚作業，也在水庫水域進行抽泥作業，再將庫底淤泥暫置於曾文溪河道，藉由水庫放水將淤泥回歸於大海，以補充河口泥砂，減緩海岸退縮。
在維持庫容同時，秉生態保育原則，於上游疏通工程設計及施工等階段辦理生態檢核，評估及採取友善措施，如藉由縮小疏通範圍，保留自然潭區地形，提供魚類庇護的場所。放淤作業也自101年起，每年持續針對曾文溪下游河道進行監測與變遷影響分析；同時也包含對陸域、水域、植物及河口生態等環境進行蒐集，以掌握生態物種之變化。
然而水庫減淤工作與水域生態平衡為兩難課題，南水局特於111年12月28日辦理「曾文水庫清淤水域生態議題工作坊」，邀請關注曾文溪水域生態社群、水利專家學者、地方代表等，共同針對上游疏通工程及水庫下游水力沖淤等議題，意見交流並提出策略及方向，加上既有生態檢核工作及掌握河道變遷影響作為，持續一起維持曾文溪整體環境。