辦理河川或區域排水之用地取得除有徵收私有土地問題外，如涉公有地取得，尚需依財政部訂頒「國有不動產撥用要點」辦理撥用，一般而言該作業早於徵收土地之期程，過往有因未查明該土地是否屬無償撥用或該年度未編列用地費，致核准撥用後，不及於約定期限內繳清當期應付價金，恐衍生註銷撥用或需支付撥用土地費用之延遲利息。
基此，為避免上述情事之發生，影響工程之推動或增加經費負擔，故辦理公地撥用時，需依「各級政府機關互相撥用公有不動產之有償無償劃分原則」予以查明，待撥之土地究係有償或無償，如屬有償撥用之土地，應先確認經費來源，以為因應。
實務上，執行河川或區域排水用地取得，常遇農田水利署（原農田水利會）所有土地，因應改制為公務機關，且依農田水利法第23條第2項規定，各機關辦理撥用，應辦理有償撥用；爰辦理河川或區域排水之用地取得，特應查明所涉公有地管理機關是否為農田水利署，如為該機關所管理之土地，又經費無法一次籌足時，建議可先與國有財產署及管理機關協商撥付事宜。