為掌握可能影響水利署(以下簡稱本署)施政目標無法達成之內、外部風險，本署依據「行政院及所屬各機關風險管理及危機處理作業原則」第5點規定（以下簡稱風險管理作業原則），成立「風險管理專案小組」（以下簡稱專案小組，其組織架構如圖1），辦理風險管理工作(包含內部控制及內部稽核)。
風險管理步驟
依據風險管理作業原則第7點規定，風險管理步驟為:建立背景資料、辨識風險、評估風險、處理風險、監督及檢討、傳遞資訊、溝通及諮詢(如圖2)，持續掌握可能影響機關施政目標無法達成之內、外部風險，並適時採取相關管控及作為。
風險評估及處理
參照「風險容忍度」標準，以風險值R=2以下之低度風險為風險容忍度，超過此限度之風險均予以處理。(風險判斷基準及其風險容忍度如圖3)
112年度辨識24項風險項目，其現有風險等級及風險值，與風險判斷基準比較，建立現有風險圖像(如圖4)，其中，低度風險13項、中度風險9項、高度風險1項及極度風險1項。
在現有風險對策下，原有1項極度風險、1項高度風險及9項中度風險，經研提新增風險對策後，風險值可降低，並以已降低之殘餘風險值建立殘餘風險圖像(如圖5)。舉例說明，風險項目項次1「降雨不足造成民生及產業用水吃緊。」，風險值R=9，屬極度風險，經新增風險對策∶1.研擬2023年穩定南部供水抗旱計畫，強化南部地區供水韌性及籌應緊急抗旱水源。2.百年大旱後已檢討全國水資源經理基本計畫，持續強化各地多元水源、區域調度、科技造水及供需管理，可提升供水韌性，降低風險。3.針對風險情境，如須採取分區供水，對於管線末端及高地地區復水時間較長地區，將優先蓄滿鄰近清水池，或採提早送水方式因應。風險值可降低R=4，屬中度風險。
監督及檢討
目前已完成112年度「風險評估及處理彙總表」及「風險圖像」、「內部控制制度」等重要工作，並請各組室持續依風險管理作業原則第12點規定，監督風險管理過程進行狀況，隨時監督風險環境之變化，留意新風險之出現、隨時監督已辨識之風險及提出必要之警示。
112年7月13日112年度風險管理專案小組第2次會議就是否新增風險項目、內部控制缺失及興革建議追蹤表、內部稽核項目、自行評估單位進行討論，將持續依據風險管理作業原則及「政府內部控制監督作業要點」規定，追蹤內部稽核報告之興革建議辦理情形，及辦理112年度內部稽核與自行評估工作，檢討風險項目，監督風險變化情形，檢討風險對策之有效性及風險處理步驟之正確性，以合理確保風險管理持續有效運作。