為因應底泥污染事件造成不同程度的人體健康危害問題，須維護底泥品質以保護水體環境及維護食品衞生，行政院環境保護署(組改後為環境部)於99年2月3日修正「土壤及地下水污染整治法」。將底泥品質管理相關規範納入依相關規定，河川、灌溉渠道、湖泊、水庫及其他經環保主管機關公告之特定地面水體之目的事業主管機關應定期檢測底泥品質狀況，與底泥品質指標比對評估，送中央主管機關備查，並公布底泥品質狀況。
定期檢測結果，倘底泥品質指標項目濃度高於下限值者，目的事業主管機關應針對該項目增加檢測頻率；高於上限值者，目的事業主管機關應針對該項目增加檢測頻率，並通知農業、衛生主管機關依權責檢測生物體及已上市水產品內污染物質。
水利署自103年起開始規劃辦理轄管水系之五年一期之底泥採樣檢測工作，以求能維護底泥品質以保護水體環境。本(112)年已經進入第二期第5年，規劃持續辦理蘭陽溪、和平溪、卑南溪、花蓮溪、秀姑巒溪、淡水河、磺溪之加強檢測。