過去，查詢土地是否位於水庫集水區或自來水水質水量保護區內只能透過行政機關人力查找，為了簡化流程、提高行政效率，水利署自民國100年建置「水庫集水區暨自來水水質水量保護區查詢系統」，將水庫集水區和自來水水質水量保護區圖層整合於系統，讓使用者透過簡易的查詢功能得到查詢結果，如位於邊界鄰近地區者，則提供建議洽詢機關(構)對象名單，提高行政效率及資訊揭露。
系統使用對象開放一般民眾和政府機關單位，一般民眾可透過地段、地籍、坐標、地址、行政區等方式進行查詢如圖1，而如欲產製查詢證明單則需向相關單位提出申請，證明單內容如圖2。
另外，查詢系統提供了多種類圖層讓使用者進行套疊使用，包含基本圖、水文、環境敏感及地形地質四大類，提供圖層有行政界、地籍圖、地下水文、文化景觀敏感、生態敏感區、五萬分之一斷層分布等，圖層套疊如圖3所示。
為協助使用者更熟悉系統操作，於系統上方提供操作手冊介紹系統功能和操作流程，以及客服信箱及客服電話提供使用者諮詢服務，以確保使用者能夠有效率地運用系統，系統運營迄今已逾10年，每年使用人次大幅成長，去(111)年共計66,890人次使用，下載證明單次數為11,674次如圖4，可見各機關單位與一般民眾使用需求持續成長，為提供更優質的服務，本系統將持續精進、優化與擴充系統功能。