水庫是自來水的重要水源，為了解水庫水質情形，環保署每年對具有公共給水功能之主要水庫進行監測，並依卡爾森優養指數法估算，評估水質優劣。
以表列行政院環保署定期檢測水質之20座水庫，分析近5年水庫水質概況。其中水質屬貧養等級比例近5年持平，皆為5%，屬普養等級比例由107年70%下降至111年55%，而屬優養等級比例則由107年25%上升至111年40%，顯示水庫水質略為惡化。
另由表列優養指數可知，水質最好的水庫為翡翠水庫，各年指數皆小於40，水質皆為貧養；水質最差的水庫為鳳山水庫，其指數皆大於76，歷年監測之水質皆為優養化。