每年夏、秋颱風及秋、冬東北季風來臨之際，花蓮溪與秀姑巒溪河床上的細小顆粒被強風揚起，容易形成揚塵現象，影響周邊環境空氣品質。第九河川分署(以下簡稱九分署)掌握河川揚塵好發區，自99年起持續辦理揚塵防制工作，依河川地形特性積極研擬各種可行方案，推動水幕防砂、綠覆蓋、水覆蓋等工法，更透過公私協力、跨機關合作，與在地團體、林務署共同進行高灘植樹，在抑制揚塵的同時兼顧固碳、護堤、營造生物棲地之功能。
透過這些努力，揚塵防制的成果逐漸彰顯，九分署也與時俱進持續精進揚塵防制作為。111年辦理「木瓜溪河川生態廊道與國土綠網串聯管理計畫」時發現，位於木瓜溪匯流口的魚塭式水覆蓋工法，可能讓洄游性魚類在洄游過程迷失方向；同樣在高寮大橋上下游河段的魚塭式、葉脈式工法，雖然創造了更豐富的濱溪植被環境，但將流動水域改成近靜態水域的作法，也有影響水域生物利用的疑慮。
爰此，111年九分署辦理揚塵防制工作將生態檢核議題納入設計。首先，花蓮溪揚塵好發區與多處生態敏感區重疊，如花蓮溪出海口為國家級重要濕地、河川主支流匯流口為水域生物、洄游性魚類相對豐富之處、月眉大橋至米棧大橋為黑面琵鷺、東方白鸛、魚鷹、遊隼等瀕臨絕種及珍貴稀有保育類熱點，九分署將之列為優先迴避區或改採綠覆蓋等降低棲地擾動之減輕作法。
針對水覆蓋工法造成洄游性魚類影響的問題，九分署也在與生態人員研議後，參採瑞士日內瓦艾爾河River Aire原應用於河相復育的「瑞士巧克力工法」，該工法透過試驗模擬，在河床挖出菱形格狀深槽流路，使其在洪水自然沖積的過程，讓水路自由流動出自己造型，回復自然的辮狀流路，使生態環境得以變得多樣性。應用於秀姑巒溪玉里大橋上下游揚塵好發區，增加水覆蓋面積並確保水流順暢，讓水域生物廊道暢通，於颱洪過後回復自然流路。
隨著民眾對河川環境與自然生態更加重視，揚塵防制與生態保育等更多面向的考量為九分署持續追求的目標，藉由不斷滾動調整因地制宜的揚塵防制工法，並將環境衝擊與生態效益納入規劃考量，營造自然河川及維護生態環境多樣性，以達到工程治理與永續生態環境發展之雙贏。