木瓜溪是第九河川分署(以下簡稱九河分署)轄管花蓮溪水系中最靠近花蓮溪出海口的第一條大型支流，它的水量豐沛、流域範圍也是相當廣大；107年林業及自然保育花蓮分署執行「花蓮生態保育綠色網絡發展計畫」時將花蓮溪與木瓜溪匯流口定義為洄游生物廊道的重要保護區，可以看出木瓜溪對於洄游生物來說是相當重要的河川生態廊道。但近年來一直聽居民說木瓜溪常見的洄游性鰕虎數量越來越少，洄游生物的驟減不但可能會影響海洋生物的食物鏈，嚴重也有機會造成溪流生態系統失衡，我們不禁開始認真思考木瓜溪究竟怎麼了？

為找出木瓜溪可能的問題來源，我們在111年時執行「木瓜溪河川生態廊道與國土綠網串聯管理計畫」，在提升河川生態廊道品質的願景下，透過生態調查、機關及專家學者訪談等方式，歸納出3個面向的關鍵課題，分別是受工程擾動使關注棲地劣化進而弱化河川廊道功能、人為取水干擾阻斷洄游生物廊道以及灘地使用慣行農法致棲地品質劣化。我們透過和各公、私部門、團體等合作共治的模式成立了木瓜溪跨域交流平台，共同討論木瓜溪面臨的課題與挑戰，並找出共同守護木瓜溪的推動共識及對策：

設計棲地管理原則：

將生態調查盤點出之關注植物分佈與棲地類型、水域及陸域生物之關注棲地等資訊轉譯繪製成棲地生態品質圖，作為河川管理上的整合工具與討論介面。
河川公地申請及揚塵抑制工法納入友善生態考量，並協助水利署擬定納入生態檢核之通用疏濬指引草案。

穩定重要支流水量：

為了能精確用水量、將多取的水還給木瓜溪，農水署花蓮管理處將於114年起逐年設置水文資料設備及閘控設施，朝灌溉用水自動化管理方向邁進。
台電針對機組檢修期間缺水對於水域生物造成之嚴重影響，目前刻正評估與農水署花管處合作於檢修前蓄水方案可行性。
打造生物庇護所：為了解決上述台電的影響，九河分署也主動和在地的初英山發展協會及南華社區共同打造了一處結合傳統砌石工法的生物庇護所，可以擴大這裡的棲地，也提供生物暫時躲避的空間，期望能稍微降低檢修時的影響，這過程也邀請花蓮縣樸門永續生活協會的廖美菊老師進行周邊植栽綠化，營造出低維管且兼具安全與生態的自然環境。去(112)年生態調查時並發現有日本瓢鰭鰕虎、日本鰻鱺、大和沼蝦及菊池式細鯽等多種物種前往棲息利用呢。

友善灘地經營管理：

本次計畫和林業自然保育署花蓮分署共同合作鑲嵌地景計畫，我們以流域管理角度去推動木瓜溪河川生態廊道建置工作，而林業署則是以華隆護岸灘地進行重點推動，提出灘地的生態規劃，並透過友善實驗田區的實作，將相關友善耕作之建議回饋到我們的灘地經營管理。

發展環境教育：

目前我們共辦理4場環境教育共學課程，除了帶領周邊大學生實地走進木瓜溪進行田野生物調查、瞭解棲地圖資與生態調查如何應用到實際案例中外，並帶領周邊國小、在地社區孩童認識水域庇護所、鑲嵌地景及友善田區之功能，其中1場活動並仿效傳統牛踏方式帶孩童一起以腳踩踏讓庇護池之黏土層更厚實，自然形成防水層。
木瓜溪這個場域內也吸引了許多機關團體等前往辦理共學、互相交流資訊，例如林業自然保育署花蓮分署曾於木瓜溪灘地進行「外來種移除與自然植被復育的分享」、花蓮社區大學前往木瓜溪進行流域共學等。我們也和在地初英山產業交流協會合作在木瓜溪推動微水力發電，辦理小水力發電活動。