為強化區域水源調度及供水穩定，水利署推動「石門水庫至新竹聯通管工程計畫」(以下簡稱本計畫)，石門水庫原水可支援新竹寶二水庫，提升原水調度與備援能力，達到整體水資源聯合運用效果。
北區水資源分署(以下簡稱北水分署)執行石門水庫至新竹聯通管工程計畫，於規設階段即納入工程生態檢核機制，執行期程111年5月至116年12月，透過生態檢核結果及相關因應措施，避免或減輕本計畫執行對生態環境的影響，達到公共建設與生態兼顧的永續發展目標。
本計畫於規設階段即邀生態專業人員參與工程規劃與設計，充分考量聯通管沿線生態環境敏感程度與隧道銜接段、道路埋設段及跨河放水段等三主要區段工程計畫內容對生態環境之相關性，繪製生態關注區域圖，盤點生態重要議題與關注保全對象等作業，並依循「迴避」、「縮小」、「減輕」、「補償」等策略提出因應生態議題與關注保全對象之生態保育原則。
工程細設與施工階段，除由工程統包廠商進行細設與施工階段生態檢核作業外，並由北水分署之生態檢核專業廠商執行諮詢及施工期間生態檢核作業督導與查核。執行期間同時辦理環境監測與民眾參與工作，環境監測目的係瞭解施工前中後生態環境變化影響，滾動式檢討生態保育措施執行，而民眾參與目的係讓民眾對提出意見及建議，以作為計畫方案調整參考。此外，北水分署特別成立生態保育督導小組，進行生態保育工作督導，期間小組專家委員於現場勘查提出多項具體生態保育措施和建議，例如設置生物通道、水環境棲地營造及加強資訊公開等，除可確保工程永續發展及達到生態保育成效外，並可為當地帶來更多社會、經濟和環境效益。
為讓生態物種繁衍不息及後代子孫擁有青山綠水良好環境，本計畫將落實推動生態檢核作業機制，相信可減輕工程對生態環境影響，同時藉由民眾參與推動執行，以呼籲民眾共同珍惜現有環境、保護生態物種，讓工程與自然環境共生共榮，並將優質自然環境留給下一代。