地層下陷主要係產業發展、土地利用與水資源供需長期失衡所致，其因雖明，然防治過程須面臨既有利益、民眾生計及抗爭等諸多挑戰。雖經農委會、經濟部、內政部等部會及縣市政府長期共同努力，地層下陷已有明顯減緩改善，但仍須持續辦理防治工作。
工廠水井查察
經濟部依據行政院核定「地下水保育管理暨地層下陷防治第2期計畫(104～109年)」，逐年編列專案經費，持續推動辦理地層下陷防治相關之水土資源保育工作。由經濟部補助各地下水管制區縣市政府辦理未登記水井處置作業；除加強巡查及提供民眾檢舉地下水管制區新增違法水井獎勵外，並以多元管道(工廠查察，漁塭竊電通報、聯合稽查等)加強水井現地查核。另為掌握水井數量與使用狀態，逐步落實水井管理及地下水合理利用，並補助雲林、彰化、臺中、高雄、宜蘭等縣市辦理未登記既有水井納管作業。
封填水井
水利署109年度補助11個地下水管制區直轄市及縣市政府辦理違法水井處置執行計畫，為瞭解相關縣市政府經費支用及執行現況，並適時提供必要之協助，爰分別於109年7月21日(宜蘭縣政府)、7月27日(雲林縣政府)、8月4日(彰化縣政府)、8月18日(高雄市政府)、9月7日(臺南市政府)、9月17日(澎湖縣政府)辦理現地督導暨查核會議。本計畫預期納管數量龐大既有未登記水井，協助相關縣市政府辦理水井處置，遏止新增違法水井，以期落實水井管理。已於109年度完成水井填塞836口、查察地下水管制區工廠587家，達成年度目標。
查核督導會議