防災減災、河海堤及排水治理等為國家基礎建設，本案三項計畫預計104年至109年共編列800億元辦理改善，主要防護24條中央管河川及2條跨省市河川、524公里一般性海堤及42條中央管排水，為因應氣候變遷、活化空間利用及改善生物棲地環境等，主要辦理項目包含防災減災、環境景觀及棲地營造、維護管理、基本資料調查監測及技術發展及非工程措施與自主災害防備等工作項目。除由中央公務預算支應經費需求外，其中由經濟部自籌款90億元支應。
三項計畫完成後，共可改善防洪措施201.6公里、環境景觀及棲地營造150公里、排水路改善60.36公里、既有海堤環境改善78.8公里、海堤生態環境改善25.4公里；及增加保護面積1萬4,180公頃、環境改善面積444公頃。為加重地方角色，提高自償比例，國家發展委員會已請經濟部儘速研訂「水利建設跨域加值財務規劃審查作業要點」，預期可降低工程成本、使居民免於水患災害並提高土地利用價值，使1分錢發揮3分效益。
本案三項計畫分布範圍廣泛，改善計畫宜因地制宜。未來將配合「水利建設跨域加值財務規劃審查作業要點」，在不增加成本前提下，結合地方都市計畫及區域發展計畫，提高自償率。並以公平及均衡性原則，使水利建設獲得改善、居民免於水患災害，亦可增加土地利用價值，促進經濟繁榮及未來發展之潛力及前景。
以上三項計畫草案經提報103年5月19日國家發展委員會第3次委員會議審議，獲委員會原則予以支持，惟請執行時納入以下原則：
一、擇定辦理跨域加值示範區域，並依據核定後之「水利建設跨域加值財務規劃審查作業要點」推動辦理，另請內政部協助推動土地的規劃利用，使加值收入回歸本計畫。
二、工程執行時，應考量水質淨化措施，協調整合施作，避免因工程施作汙染河川水質。
三、配合治理進度，核實編列橋梁改建所需經費。
四、本案因涉及上游水土保持以及下游之雨汙水下水道等工作之整合，故請經濟部設立跨部會協調推動小組並建立計畫整合推動機制，提高流域綜合治理成效。