立法院於103年5月30日第8屆第5會期三讀通過行政院函送審議之「中央政府流域綜合治理計畫第1期特別預算案」103年度及104年度計126.49億元，經濟部(水利署)、農委會及內政部即將啟動流域綜合治理計畫，協助地方政府推動第一期治水工作。
行政院於103年4月16日核定修正「流域綜合治理計畫(103-108年)」，計畫分三期編列特別預算660億元，其中經濟部420億元辦理河川及區域排水、內政部90億元辦理雨水下水道、農委會150億元辦理農田排水、水產養殖排水、農糧作物保全、上游坡地水土保持及治山防洪。本次通過第一期為103年及104年預算126.49億元，經濟部分配數為58.35億元，目前水利署已提早會同各縣市政府進行第一期工程執行計畫書之提報及現場勘評等先期作業，將配合通過之特別預算，全面推動執行。
流域綜合治理計畫之辦理工作，除延續過去8年「易淹水地區水患治理計畫」的水、土、林的綜合治水，增加對水產養殖排水、農業生產排水及橋河共治之省道橋梁改善，加強推動科技防災與避災措施、重要農糧作物保全及產區調整，及治山防洪分級治理外，並特別導入河川流域及排水集水區之出流管制、海綿城市、與低衝擊開發之國土永續理念。未來任何土地開發利用不得增加下游水路排洪負擔，亦不得妨礙原有水路之集、排水功能等創新作為，預期計畫完成後可增加改善320平方公里淹水潛勢地區之水患程度，增加保護人口約120萬人，控制上游坡地水土保持、治山防洪及國有林治理之土砂生產量約1,260萬立方公尺，再增加136公里雨水下水道幹線，降低120平方公里重要農業高淹水潛勢地區及34平方公里養殖漁業生產高淹水潛勢地區之水患問題。
此外「流域綜合治理計畫推動小組設置與作業辦法」已於103年5月27日頒布施行，目前正籌備成立推動小組及下設審查工作小組與考核工作小組，對於治水相關工程計畫提報及執行嚴格把關，同時各縣市政府亦應訂定維護管理計畫及防災應變計畫，對於過去所完成之治水工程設施加強維護管理工作，以發揮應有的防洪功效，並與中央共同合作，加速完成治水相關工作。