依「農業用地興建農舍辦法」規定，農舍之興建有其最小建築面積之限制，因此，水利署辦理各項水利工程用地取得作業之際，往往遇有民眾因認為將影響其興建農舍之權利而對本署即將施作之工程抱有抗拒心態。事實上，農業發展條例89年1月28日修正前取得之農業用地，並不因徵收或協議價購而喪失興建農舍之權利。
依「農業用地興建農舍辦法」第4條規定，89年1月28日農業發展條例修正前取得之農業用地，依法被徵收，或依法為得徵收之土地，經土地所有權人自願以協議價購方式讓售與需地機關者，自完成徵收所有權登記後30日起或完成讓售移轉登記之日起3年內，可於同一直轄市、縣（市）內取得農業用地並提出申請興建農舍（其申請面積並不得超過原被徵收或讓售土地之面積），惟申請興建農舍之農業用地使用分區仍應符合該辦法第5條規定。
此外，該辦法亦訂有過渡規定，92年1月3日修正施行後至102年7月1日修正施行前，屬上開情形且已於公告徵收或完成讓售移轉登記之日起1年內，於同一直轄市、縣（市）內重新購置農業用地者，得自102年7月1日修正施行後2年內申請興建農舍。
綜上，該辦法已有保障興建農舍既有權益之規定，以配合政府興辦公共事業。但需特別注意的是，上開規定僅適用於89年1月28日農業發展條例修正前取得之農業用地，又如符合過渡規定者，得自102年7月1日修正施行後2年內申請興建農舍。
爾後各河川局及水資源局於辦理各項水利工程時，可適時向民眾宣導，以利用地取得作業。
