水源保育與回饋費之徵收係依自來水法第12-2條及水源保育與回饋費收費辦法相關規定辦理，針對水質水量保護區內取用地面水或地下水之水權人，依其前一年度取用水量乘以徵收費率以課徵水源保育與回饋費。所收水源保育與回饋費專用於保護區內辦理水資源保育與環境生態保育基礎設施、居民公共福利回饋及受限土地補償，以落實「受益者付費、受限者得償」之精神。
自95年開徵以來，水源保育與回饋費年總徵收經費由10.7億元，並逐年成長至102年總徵收經費12.9億元，主要係因自來水用水逐年成長所致。本(103)年總徵收經費約13億元（經費收入仍持續統計中），徵收經費來源請參考圖1。
以徵收來源區分，自來水事業代徵收經費約佔95％，係依自來水法規定，透過自來水事業，包括台灣自來水公司及臺北自來水事業處，於其600萬自來水用戶水費單附徵之；其餘5％徵收經費由水利署自行徵收之，徵收對象包括農田水利會之農業用水水權人、台電公司、臺北翡翠管理局、各區水資源局及大型公司行號（如台灣塑膠公司、台糖及台泥）等大宗取用水水權人及一般水權人，計1千餘筆水權狀號。
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| 圖1 102年度水源保育回饋費徵收來源統計 |
本署辦理水權人水源保育與回饋徵收部分，首先係由本署水權管理系統資料庫篩選引水地點位於保護區內之水權狀號，經篩選出位於保護區內之水權，由本署逐筆寄發填報單請水權人依限填報實際取用水量，以作為核算年度應繳水源保育與回饋費之依據。
自來水法第12-2條第1項規定：於自來水水質水量保護區內取用地面水或地下水，供應區內非營利之家用及公共給水使用者，免徵水源保育與回饋費。另，水源保育與回饋費徵收辦法第3條規定：水權人之取用水量，於依水利法第39條規定裝置量水設備者，為其逐月填具用水紀錄表報查之實用水量；於未依規定裝置量水設備，或雖依規定裝置量水設備而未逐月填具用水紀錄表報查者，以水權狀及臨時用水執照記載之引用水量為準。爰本署於辦理水源保育與回饋徵收時，對於水權人提出免徵申請或所填報之實際取用水量顯有不合理時，仍須透過實地查核，以釐清查明。本年度針對免徵收案及填報取用水量顯有不實情況，除書面查核外另辦理17場現場查核(共計89筆水權)，釐清了3筆水權非位於保護區內、3筆水權無實際取用水、核准75筆水權免徵收、確認8筆水權取用水量，修正部分填報不實資料，增加水源保育與回饋費徵收收入36萬餘元。
對一般水權人而言，開徵水源保育與回饋費係增加其經濟負擔，因此抱怨在所難免，每年於水源保育回饋費開徵季節（1-3月）抱怨電話蜂擁而至，承辦同仁必須接受各種不理性的電話抱怨和質疑。面對如此艱鉅、繁雜且細瑣工作，本署保育事業組同仁仍堅持公門好修行態度，持續全力以赴，依法開徵水源保育回饋費，以踐行自來水法維護保護區受限民眾權益及社會公益。