據「荷蘭聯合東印度公司」資料記載，西元1650年左右，當時台南赤崁地區有15個早期在台漢人開墾的耕地，其中一個即位於
二仁溪南岸，是漢人拓墾該區域最早的文獻紀錄。其後耕地向南方擴展開墾，1657年在
鹽水溪南邊有二處農耕地段，其一位於茄萣和竹滬一帶；其次位於堯港一帶，這些墾地皆位於
二仁溪出海的興達港內海周圍。當時
二仁溪流域的土地漸次開墾，主要利用地表天然窪地「注雨水以灌田」，有兩口陂塘：「王田陂」在阿蓮市街南方1.5公里處，舊地名為加冬腳的地方；另一口「大陂」，即今阿蓮鄉峰山村的大埤。
二仁溪發源於高雄與台南交界的
分水嶺南側，西南流經內門、田寮、阿蓮等區後，沿著高雄與台南市的市界一路向西，最後在茄萣鄉與灣裏部落間流入台灣海峽，幹流長度約65公里，
流域面積350平方公里。
二仁溪舊名「二層行溪」、「二贊行溪」……，
二仁溪流在自然環境上有幾點特性：
1.是台灣雨量變率較大的地區之一，
下游平原的平均年雨量約為1,750公厘左右，相對於台灣平均年雨量2,610公厘，雨量尚非豐盈。
2.降雨季節集中，每年4月到9月這半年的雨量佔全年總雨量的90%以上。
3.
二仁溪發源地的海拔高度僅543公尺，
流域各地平均
坡度平緩，
河川地泥沙含量驚人，估計每年可達1,225萬公噸，為全台
河川之冠，世界排行亦名列前茅。
流域之鳳山縣是清初台灣主要農業生產地區，《重修鳳山縣志》記載：「粟、米餘資閩粵，菁、糖直達蘇杭；絲帛雖藉中邦，瓜果亦登天府。」
於今經過整治後，
二仁溪有豐富的生態體驗提供民眾悠遊：紅樹林
潮間帶、
濕地風光、休閒漁業、
下游船筏小旅……等等，歡迎大家一起戀上
二仁溪！