水利署經管的土地面積龐大，且散布遼闊、位置偏遠，因而衍生管理上諸多問題。為確實掌握
土地使用現況，落實公地公用，杜絕占用，除資料建檔不疏漏外，並於每年辦理財產檢核，以防止不當得利情形及確保徵收價購土地完成產權之移轉登記。
依「國有財產產籍管理作業要點」規定，管理機關應設國有財產資料卡及明細分類帳，就所經管之國有財產，分類、編號、製卡、登帳，並列冊層報主管機關。故對於徵收、撥用、接管、土地第一次登記或被撥用、移交及因地籍逕為分割、重測、重劃等原因而產生地籍異動、產籍量值變動，各水資源局、各河川局、水利規劃試驗所及台北水源特定區管理局均建立電腦檔案資料，以利產籍管理。
為落實本署水利用地之管理，爰每年對附屬單位之財產業務查核列為重點項目，並依「國有公用財產管理情形檢核計畫」及「國有公用財產管理情形檢核實地訪查計畫」規定，各所屬機關應每月、每季提送產籍異動資料報署彙整，本署亦配合國產署相關規定，每年至各所屬機關辦理國有財產實地訪查及稽核管理，以確保產籍資料之正確性、完整性。