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復育計畫之目標以水患防治、保護民眾生命財產及兼顧諸羅樹蛙族群生命延續為主要目標，透過施工前、後照片比對，可發現工程施作前河道淤積許多土砂礫石，環境較為自然，有利於生態，然而河岸受暴雨逕流沖刷崩塌，造成土壤流失，且河床高程過高，縮小河道通水面積；工程施作後，高鍍鋅箱型土石籠較利生態發展，期使復育狀況良好，亦兼顧生態保育考量。

　　本案施工前委託財團法人台南市社區大學發展協會於民國102年9月6日~9月16日進行現地調查，在自治橋到台3線興昌橋河段間(圖10)，進行了兩趟次的調查。

　　調查作業將棲地類型分為竹林、水田、旱田、果園、雜木林、荒地、房舍道路、高草地、人工林與其他類，調查時以兩人一組，沿河道兩側30公尺範圍內的棲地進行調查，以目視法在各棲地中搜尋有無諸羅樹蛙個體，並輔以叫聲辨識，記錄所有發現諸羅樹蛙位置的GPS坐標。

　　調查結果中有10個記錄點是以目視發現諸羅樹蛙個體，另有13個記錄點則是以叫聲發現諸羅樹蛙，總共有23個諸羅樹蛙的發現點（圖11）；且發現竹林是該次調查中發現諸羅樹蛙的主要棲地類型，所有發現諸羅樹蛙的地點均在竹林中或竹林邊緣，竹林所佔的比例是最高的，共佔了調查全段的33.5%，其次是水田與果園，分別佔了11.2%與10.9%；若只估算自治橋到南勢橋之間的棲地，竹林亦是佔有最高的比例，共38.7%（共有20個發現點在該區間）。自治橋到南勢橋之間的竹林分布情形，相對於調查河段的後半段（南勢橋到興昌橋）來的較連續而完整，可能提供諸羅樹蛙在自治橋到南勢橋之間能有較廣泛的棲地。

　　由於調查進行的時間已是諸羅樹蛙繁殖季的尾聲，且調查進行時並無明顯降雨，大部分的諸羅樹蛙可能已無明顯的繁殖活動，要發現牠們的機率相對降低了很多，而該次調查卻還能夠有相當數量的發現結果，顯示該地區的族群量應是相當龐大的，尤其是在自治橋到南勢橋區段的竹林間。