水利署及所屬機關經管之公共用土地轄區廣闊，位置偏遠，基於管理機關權責及確實掌握土地之基本資料，均由各
河川局依國有財產法第21條及國有財產產籍管理作業要點規定，設置國有財產資料卡及明細
分類帳，就所經管之國有財產，
分類、編號、製卡、登帳，並列冊層報主管機關。
惟
水利署所屬各
河川局自96年度起均已編列分預算，具備國有財產法施行細則第9條規定之管理機關要件，故自98年起各
河川局為興辦
水利事業辦理之撥用案件，均已由各
河川局為申撥機關並為管理機關。
另為簡化行政程序，自今（106）年度起，各
河川局為興辦
水利事業價購或徵收取得私有土地，亦由各局擔任需用土地人並為管理機關。
基於管用合一原則，目前
水利署經管各
河川局代管之公共用土地，其管理機關登記為
水利署者仍多達8萬4千餘筆，面積共約1萬4百餘公頃，現刻由各
河川局依國有公用財產管理手冊第61點、國有財產法施行細則第28條及第38條規定，循序辦理管理機關變更登記中，預計於今年底前完成移交接管。