台灣地區水庫集水區內既有居民之生活生計所產生汙染，必須加以控制才不至於造成自然環境的改變及水庫水質優氧化問題。水利署為改善水庫水質，除聯合環保單位加強水庫集水區點源污染控制，也針對農業非點源污染，導入綠色基礎設施(Green Infrastructure，簡稱GI)規劃理念、工程生態檢核作業，引進低衝擊開發(Low Impact Development，簡稱LID)、多層複合濾料淨化設施(MSL)等工法，藉由小區塊農地之低衝擊開發設施設置，或小聚落的多層複合濾料淨化設施，化整為零，從污染源頭處理，讓農地出流清淨水，以改善水庫水體。
水利署自民國100年於翡翠水庫上游坪林區仁里13號、14號茶園旁，首創以非點源污染最佳管理技術（Best Management Practices，以下簡稱BMPs）設置水質淨化示範區，透過大型人工濕地削減來自茶園的非點源污染，之後導入LID改進為小型植生滯留槽，改善因土地利用而造成之非點源衝擊，目前應用於石門水庫拉拉山辦理10處LID推廣示範場址，並經採樣觀測，總磷削減率可達90%以上，證明能有效降低優養潛勢並優化入庫水質；近期更於嘉義、高雄、澎湖、連江等地區水庫試辦MSL，已可有效改善水庫集水區非點源污染。
未來水利署將持續推廣非點源污染削減設施，並期望透過公私協力方式，獲取農地地主認同，共同為守護清淨水源頭。