地下水鹽化是台灣地區地下水所面臨較為嚴重的問題之一，包括濁水溪沖積扇、嘉南平原、屏東平原、蘭陽平原與澎湖等沿海地區地下水都有導電度偏高的現象。水利署利用辦理多年的濁水溪沖積扇地下水質監測資料，並整合環保署地下水質的定期監測數據加以分析後顯示，濁水溪沖積扇沿海地區確實有地下水鹽化之情形。
一般而言，造成地下水鹽化之原因與水質組成所反映出的變化可分為三類，第一類為早年因大量抽用地下水導致地層下陷、海水入侵與海水養殖所造成之海水入滲，地下水中氯鹽與硫酸鹽濃度皆有偏高情形；第二類為以往殘留於封閉地層之古海水所造成之鹽化，由於所屬地層流通性差且極為還原，因而產生硫酸鹽還原反應，造成低硫酸鹽濃度與高氯鹽濃度之現象；第三類為地層中硫酸鹽礦物的溶解或因地表排放(如工業廢水)，同時釋出鈣、鎂等離子使水中硬度增加，造成高硫酸鹽與低氯鹽濃度的情形。
水利署利用4種以往文獻的評估方法，包括地下水導電度、氯鹽含量、氯離子與碳酸根及碳酸氫根莫耳濃度比(MR)與Piper水質菱形圖，再以自行監測與環保署監測之地下水質監測數據，進行濁水溪沖積扇地下水是否受到鹽化的評析。
圖1為濁水溪沖積扇歷年地下水導電度平均值等值圖，由圖1顯示，濁水溪沖積扇沿海地區導電度為300 μS/cm之等值線已越過臺17線與臺61線西濱公路，特別以濁水溪沖積扇南側雲林沿海地區最為明顯。圖2為濁水溪沖積扇於109年調查分析後屬地下水鹽化之觀測井分布位置，其中海園、箔子、金湖與宜梧等觀測站井均位於沿海地區，亦符合104年所調查之海水入侵鹽化區域內。至於內陸之青山、九隆、石榴與舊庄等觀測井位於內陸，經檢視原始水質數據發現均輕微超過評估指標值，研判應非海水入侵所造成，推測可能係地下水水質組成改變所致。
在政院已核定之「地下水保育管理暨地層下陷防治第3期計畫」中，地下水鹽化防治亦為重要工作項目之一，並設定鹽化範圍以不超過臺17線為目標。為此，水利署除持續辦理沿海地區地下水位、水質與地層下陷監測工作之外，亦將積極推動地下水補注、違法水井管理與地層下陷防治等措施，以改善沿海地區地下水鹽化之現況。