「流域綜合治理計畫(103-108年)」奉 行政院於103年4月16日核定，該計畫執行之第一期預算(103-104年)共計126.49億元，已於103年5月30日經立法院三讀通過，並奉總統於103年6月18日公告施行，經濟部(水利署)第一期執行預算計58.35億元，目前已召開二次推動小組及二次審查工作小組會議，核定河川、區域排水工程265件(經費39.28億元)，其中應急工程78件、治理工程187件，刻由各河川局及縣市政府執行中。
在計畫執行及管考機制部分，已於103年5月27日訂頒「流域綜合治理計畫推動小組設置與作業辦法」，辦理流域綜合治理計畫之審查、督導、管制考核、政策協調、研究發展與人才培訓等相關事項，並下設審查工作小組及考核工作小組，協助辦理流域綜合治理計畫之審查及考核事宜，俾對於治水相關工程計畫提報及執行嚴格把關，同時各縣市政府亦應訂定維護管理計畫及防災應變計畫，對於過去所完成之治水工程設施加強維護管理工作，以發揮應有的防洪功效，截至104年2月底，已召開2次推動小組會議、2次審查工作小組會議及1次考核工作小組會議。
有關出流管制部分，水利署於103年8月28日完成修訂「中央管區域排水排水計畫書審查作業要點」，將排水計畫書改採兩階段審查，並配合內政部現行用地變更相關程序依都市土地與非都市土地分別加以規範送審程序，以使排水計畫之審查更臻完善；另為擴大公民參與、促進公私部門夥伴關係，103年12月4日已訂頒「流域綜合治理計畫建立民眾參與機制注意事項」未來在「流域綜合治理計畫」執行期間，將從源頭即納入在地居民及公民團體意見，建立與民眾的溝通平台，成立諮詢小組及聯繫窗口等，並在工程規劃、設計及施工過程中，適時召開地方說明會，將相關建言納入計畫執行的參考，使各項工程計畫內容更臻完善。
於本計畫核定之291水系範圍內，依據第一期核定之執行計畫書落實流域整體治理及綜合治水原則，辦理河川及區域排水、雨水下水道、農田排水、水產養殖排水、上游坡地水土保持及治山防洪等規劃及治理工作、導入河川流域及排水集水區之出流管制、海綿城市、與低衝擊開發之國土永續理念並進行科技防災與避災等非工程措施，預計第一期再改善75平方公里之易淹水面積、增加36公里下水道長度、控制304萬立方公尺土砂生產量、增加保護66平方公里農糧作物保全面積，及增加13平方公里水產養殖生產區的淹水耐受力。