花蓮溪水系與秀姑巒溪水系為東部重要之中央管河川，其治理規劃報告完成於民國77、78年間，治理計畫及水道治理計畫線與用地範圍線等河川圖籍於民國80年公告。嗣經時空環境變遷，流域內地形、地貌、水文、人文等條件已有改變，為利河川治理與管理所需，第九河川局於99年起辦理治理規劃檢討、治理計畫及水道治理計畫線與用地範圍線等河川圖籍修正作業，於106年3月及109年9月分別完成花蓮溪(主流及10條支流)及秀姑巒溪(主流及25條支流)等2大水系計37條河川之水道治理計畫線與用地範圍線等河川圖籍(第一次修正)公告作業。
本次規劃檢討修正範圍除80年公告秀姑巒溪及花蓮溪之主流及各5大支流外，首先嘗試由河川「線」的檢討，改以水系「面」的檢視，以解決主支流匯流口銜接及地籍整合等問題，另將氣候衝擊、環境保護與生態保育等因素等納入，以綜合治水概念及流域整體規劃等理念，採因地制宜、結合流域上、中、下游整體治理，兼顧自然環境生態與景觀等，達成治水、利水、親水、活水、保水等多重目標；並就河道現況及土地利用情形，納入極端氣候因素及多砂河川之特性考量，儘可能寬留河道，增加蓄洪能力及囚砂河段。
花蓮均屬原住民區域，辦理過程中遇「河川治理計畫、水道治理計畫線及用地範圍線」等修正變更及劃設問題，經第九河川局主動向原民會申請釋示，歷經多次的努力與溝通，105年5月獲原民會函示，水利法第82條辦理之「河川治理計畫、水道治理計畫線及用地範圍線」等修正變更及劃設作業，應非屬原民基本法第21條第2項規定之限制原住民族利用之情形。水利署復依該函向原民會申請通案釋示，105年7月獲原民會同意通案辦理。
本次水道治理計畫(黃)線及用地範圍(紅)線檢討修正所遇最大困難，應屬地籍資料整合，因花蓮地籍甚多為圖解區，且地政單位多僅能提供各段資料(無整合資料)，雖地政單位陸續辦理重測與數化，然更增添地籍拼接整合之難度；雖水道治理計畫線及用地範圍線畫設修正多以既有防洪構造物及地形高程為主，地籍為輔(如無佈防洪構造物紅黃共線依公私有地邊界劃設等)，惟仍面臨許多河川圖籍之地籍有偏差或移位之情事，僅能現地指界或辦理二次分割。
花蓮溪及秀姑巒溪兩水系雖已完成第1次通盤檢討與修正，惟因幅地寬廣，支流眾多，且歷時多年，難免掛一漏萬或部分仍可再檢討；尤面對氣候變遷，更須納入新的思維，如水系風險評估、流域調適等等滾動檢討，以因應極端暴雨事件及生態環境變異所帶來的衝擊。