彰雲地區前於102年12月31日完成既有水井申報納管作業，申報件數計有315,783件，並由彰化縣及雲林縣政府規劃自103年至105年上半年全數完成兩縣所轄46個鄉鎮市之納管水井複查工作。為協助兩縣府如期完成納管水井複查(含裝置辨識標籤)作業，由水利署與行政院農業委員會共同籌措經費補助辦理。另衡量補助經費之籌應，103年以農委會黃金廊道農業新方案執行範圍鄉鎮優先辦理，包括彰化3鄉鎮與雲林6鄉鎮共100,559件，104年則以彰化12鄉鎮為重點，搭配雲林4鄉鎮共115,563件，至於105年則接續完成彰化11鄉鎮及雲林10鄉鎮共99,661件。
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為使複查作業能快速進行且能確保作業品質，以確實取得後續輔導合法、產業調整、地下水減抽量核對所需管理資訊，水利署前已邀集農委會、彰化與雲林縣政府等開會研訂｢雲彰地區納管水井複查作業手冊｣，並送交彰化與雲林縣政府參考辦理；此外，在水井複查作業期間，透過財團法人成大研究發展基金會協助彰雲兩縣政府辦理勤前教育訓練及進行實地模擬演練，以確保納管水井複查作業之一致性及作業品質。
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彰化縣政府及雲林縣政府103年度9個鄉鎮之水井複查作業分別成立2個及5個標案辦理，於完成人員勤前訓練後展開相關作業，辦理過程大致平和，民眾偶有些許疑問與狀況，經由縣府及複查作業人員細心解說與處置，已獲得民眾之認同，並使相關作業得以順利推展，迄今累計執行進度已達99.67% (如表1)，彰化及雲林地區皆以農業灌溉用水為最大用水標的，彰化約占85.2%，雲林約占91.9 %，與其他用水標的比例相差懸殊。水井規格經彙整得知：水井出水管徑主要為3~4吋，彰化約占79.8%，雲林約占85.0%；水井深度於0~50公尺部分，彰化約占94.8 %，雲林約占90.3 %；農業水井多位於灌區內，彰化約占82.9%，雲林約占92.8%(如圖1)。
彰化、雲林縣104年水井複查作業自104年7月陸續開始進行，統計截至104年9月24日止，104年複查應辦115,563件，已完成複查件數計54,945件，累計執行進度已達47.55% (如表2)。
為期雲彰地區納管水井複查工作能於105年上半年順利完成，目前彰化、雲林兩縣府已著手規劃辦理105年之納管水井複查作業招標公告，預計於104年12月完成發包，彰雲地區105年納管水井複查作業鄉鎮與件數如表3。
雲彰地區既有水井申報納管期限已於102年12月31日截止，然自103年起辦理納管水井複查迄今，仍有許多未於102年底完成申報納管之民眾紛紛提出希望能給予納管之複查機會，為免影響納管水井複查作業之推展，彰化、雲林二縣府先將這些民眾所提納管水井資料另行造冊，俟後續瞭解其鑿井樣態、時間點、使用情形、數量等資料後，再行研議處理方式。
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